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만화 나루토에서 일어난 전쟁으로 자세한 것은 알려지지 않았지만, 사루토비 히루젠이 호카게일 때 일어났다.
제1차 전쟁에서 큰 타격을 받은 닌자 5대국은 휴전 조약을 체결했고 한때의 평화가 찾아왔다. 하지만 종전으로부터 약 20년 후 국가 간 경제 격차가 심각해지면서 '공평한 이권 확대'를 이유로 각국에 무투파가 대두해 다시 전쟁이 일어나게 되었다.
나뭇잎, 바위, 모래 마을의 중심에 위치한 비 마을은 세 마을 닌자들의 격전지가 되었다. 나뭇잎 마을은 비 마을을 공격했다가 도롱뇽의 한조가 지라이야, 츠나데, 오로치마루를 제외한 나뭇잎 마을의 닌자들을 모두 전멸시켰고 이를 계기로 이 셋은 전설의 3닌자라는 호칭을 얻게 된다.
비 마을이 나뭇잎 마을에게 공격받은 것으로 나가토의 부모님이 적으로 오인당해 나뭇잎 마을의 닌자들에게 살해당하고 나가토, 야히코, 코난 등이 전쟁 고아가 되어 훗날 아카츠키가 창설되는 계기를 만들었다.
